مقدمه: با بررسی عملکرد بیمارستان می‌توان ضمن شناخت قوت‌ها و نقاط بهبود سازمان درک درستی از سازمان و مدیریت بیمارستان کسب نمود. این تحقیق با هدف تحلیل ابعادی عملکردی مدیریت در بیمارستان‌های نظامی منتخب با استفاده از مدل وایزبورد و شاخص‌های شش‌گانه این مدل انجام گرفت. روش بررسی: این مطالعه توصیفی- تحلیلی در سال1392 در 5 بیمارستان منتخب نظامی به انجام رسید. روش جمع‌آوری داده‌ها پرسش‌نامه ساختارمند استانداردی بود که روایی آن از طریق روایی محتوا و پایایی آن نیز از طریق محاسبه با آلفای کرونباخ 88/0 مورد تأیید قرار گرفت. جامعه آماری پژوهش با استفاده از فرمول کوکران با ضریب اطمینان 95% شامل 280 نفر از کارکنان بیمارستان با روش نمونه گیری تصادفی تشکیل شدند. یافته‌ها: نتایج نشان داد که مشخص بودن ساختار سازمان با میانگین 27/0± 08/4 بالاترین امتیاز و مشخص بودن ساز و کار‌های پاداش در سازمان 25/1 ± 98/2 پایین‌ترین امتیاز را کسب نمودند. وضعیت کلی تمامی ابعاد عملکردی مدیریت در این بیمارستان‌ها مناسب بوده است. بین ارتباطات درون سازمانی و ساز و کار‌‌های پاداش در سازمان (04/0p=) و بین مؤلفه ساختار سازمانی و ساز و کار‌ پاداش (03/0p=) و بین هماهنگی امور در سازمان و مشخص بودن اهداف سازمان (01/0p=) ارتباط از نظر آماری معنی‌دار بوده است. بحث و نتیجه‌گیری: توجه و تمرکز مدیریت عالی سازمان در کنترل و ارزیابی ابعاد عملکردی مدیریت در بیمارستان منجربه بهبود عملکرد سازمان می‌گردد. ارزیابی محیط داخلی شامل ارزیابی موقعیت یک سازمان، سنجش عملکرد، شناسایی مشکلات و توان بالقوه در بیمارستان‌های نظامی به دلیل ماهیت عملکردی و تفاوت مأموریتی امری ضروری است.