عفونت های قارچی از عفونت های شایع بوده و میتواند منجر به عفونت موضعی یا سیستمیک شود. با توجه به مقاومت بیشتر قارچ ها به آنتی بیوتیک های متعارف، تعداد محدودی دارو برای درمان بیماری های قارچی سیستمیک در دسترسند . با عنایت به شرایط ویژه و حساس پرواز، آگاهی از امکان مصرف این داروها ضمن انجام وظایف پروازی ضروری به نظر می رسد. در بخش نظامی : نیروی هوایی کانادا اجاز ه ی مصرف داروهای ضدقارچ خوراکی مانند تربینافین و فلوکونازول را برای درمان عفونت های قارچی ناخن، در غیرخلبانان در صورت عدم وجود عوارض جانبی پس از یک هفته گراندی را داده است اما اجازه ی پرواز حین مصرف این داروها به خلبانانی که این داروها را مصرف می کنند حتی به عنوان کمک خلبان و یا همراه با کمک خلبان داده نشده است. به طور معمول به کارکنان پروازی اجازه ی مصرف خوراکی داروهایی FAA : در بخش غیرنظام ی مانند گریزئوفولوین، تربینافین و ایتراکونازول را برای درمان عفونت های مزمن قارچی ناخن در صورت عدم وجود عوارض جانبی را می دهد. لازم به ذکر است که همانند سایر بیمار ی ها، در صورت وجود بیمار ی های سیستمیک قارچی که خود بیماری بالقوه خطرناک و تهدیدکننده حیات باشد تصمیم گیری در مورد امکان پرواز کارکنان پروازی در وهله اول براساس شدت بیماری و بعد نوع داروی مصرفی بوده و برعهده پزشک هوایی می باشد.