مقدمه: بهره‌مندی کلینیک طب فیزیکی بیمارستان از یک سیستم اطلاعاتی با کیفیت مطلوب در رسیدن به اهداف گوناگونی نظیر مراقبت و درمان بیماران، آموزش و پژوهش مؤثر است. هدف این مطالعه مقایسه‌ی سیستم مدیریت اطلاعات کلینیک طب فیزیکی در یک بیمارستان نظامی و مقایسه آن با سه بیمارستان وابسته به دانشگاه‌های علوم پزشکی در شهر تهران بود. روش بررسی: پژوهش حاضر از نوع توصیفی- مقطعی می‌باشد. در این پژوهش از طریق بررسی کتابخانه‌ای، چک لیست‌هایی تدوین گردید و در ابتدا برای تعیین اشکالات به‌صورت مطالعه اولیه دریکی از بیمارستان‌ها‌ی مورد بررسی، اجر ا شد و پس از اعمال تغییرات لازم در بین اعضای جامعه پژوهش توزیع گردید. انتخاب پرونده‌های کلینیک طب فیزیکی به روش تصادفی ساده انجام شد. یافته‌ها: یافته‌ها در این پژوهش نشان داد که فراوانی "ثبت عناصر اطلاعاتی" در پرونده سرپایی کلینیک طب فیزیکی در بیمارستان نظامی، 71% و در سایر بیمارستان‌ها به ترتیب 69%، 65% و 50% بود. همچنین در بررسی امکانات سیستم اطلاعاتی کلینیک طب فیزیکی مشخص گردید که از لحاظ برخورداری "امکانات" (نیروی انسانی، فضا و تجهیزات و فرایند) بیمارستان نظامی47 % و سایر بیمارستان‌ها به ترتیب 79%، 58 % و 21% بود. بحث و نتیجه‌گیری: بر اساس نتایج حاصل از پژوهش، در بررسی سیستم مدیریت اطلاعات بهداشتی کلینیک‌های طب فیزیکی از دیدگاه نیروی انسانی، وجود کاردان یا کارشناس مدارک پزشکی به‌عنوان متصدی پذیرش و بایگانی و کدگذاری بیماری‌ها و حضور تمام وقت مدیر در مرکز طب فیزیکی ضروری است. از نظر فضا، برای واحد پذیرش و بایگانی باید فضایی مستقل در نظر گرفت. برای ورود، پردازش، تحلیل و ذخیره‌سازی اطلاعات مراکز طب فیزیکی باید از تجهیزات (نرم افزاری–سخت افزاری) و کارت درمان سرپایی استفاده شود. وجود دستورالعمل لازم برای مستندسازی و شرح وظایف کارکنان واحد پذیرش، بایگانی و مدیر طب فیزیکی در فرایندهای مورد نیاز باید مورد توجه قرار گیرد.